Herefter annekterede romerne Egypten. Det er kendt af de fleste, at det mislykkedes for den sidste ptolemæiske monark, Cleopatra VII, at samle tilstrækkelig støtte til at modstå den romerske invasion, og hendes hær blev slået af Augustus Cæsar i år 31 f.Kr. Det skulle vise sig, at denne begivenhed efterfølgende medførte dramatiske forandringer i religionen og filosofien. I anden halvdel af den græsk-romerske periode spredte de nye herskere Alexandrias viden udover det romerske imperium, og samtidig indførte de nye ideer fra det vidtstrakte territorium – Fjernøsten, Vesteuropa og de hurtigt voksende gnostiske samfund i Mellemøsten.

De Hermetiske skrifter, der var samlet i Alexandrias biblioteker, blev tilskrevet Hermes, som var den græske udgave af den egyptiske gud Tehuti eller Djehuti – guden for visdom, videnskab, skrivekunst, sprog og lærdom. Den egyptiske version af denne gud kaldte grækerne for Thoth. Grækerne forestillede sig, at Hermes utallige gange havde manifesteret eller legemliggjort sig selv for at fungere som vismændenes lærer og mester. Da den egyptiske civilisation sluttede, trådte han frem forklædt som Hermes Trismegistos – "den tre gange store".